Cơ cấu tổ chức bộ máy của Viện bao gồm:
1. Hội đồng quản lý Viện;
2. Hội đồng khoa học và công nghệ;
3. Ban lãnh đạo Viện, Kế toán trưởng;
4. Phòng hành chính và các đơn vị chuyên môn;
5. Phân viện, văn phòng đại diện, chi nhánh.
Hội đồng quản lý là cơ quan quyết định cao nhất của Viện, tồn tại trong suốt quá trình hoạt động pháp nhân của Viện và chỉ chấm dứt trong trường hợp Viện giải thể.
Ban lãnh đạo Viện gồm có Viện trưởng và các Phó Viện trưởng. Viện trưởng là người đại diện pháp luật, là chủ tài khoản của Viện; chịu trách nhiệm toàn diện về tổ chức và điều hành hoạt động của Viện.