Viện Ứng dụng và Đổi mới công nghệ Nha Trang có chức năng, nhiệm vụ như sau:
Tập hợp các nhà khoa học, các chuyên gia có kinh nghiệm, chuyên môn cao để thực hiện các hoạt động nghiên cứu khoa học, ứng dụng, đổi mới công trong các lĩnh vực: Công nghệ sinh học, Công nghệ thông tin, Kỹ thuật y sinh, Kỹ thuật điện tử và Tự động hóa; Sản xuất, Kinh doanh sản phẩm là kết quả của nghiên cứu Khoa học công nghệ; Cung cấp các dịch vụ khoa học công nghệ góp phần phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.
a) Nghiên cứu khoa học: Thực hiện các đề tài, nhiệm vụ, dự án, chương trình trong lĩnh vực: Công nghệ sinh học, Công nghệ thông tin, Kỹ thuật y sinh, Kỹ thuật điện tử và Tự động hóa…
b) Sản xuất, Kinh doanh sản phẩm là kết quả của nghiên cứu Khoa học công nghệ.
c) Dịch vụ khoa học và công nghệ: Tư vấn, phản biện các chương trình, đề tài, dự án; Ứng dụng, chuyển giao và đổi mới công nghệ; Tư vấn thiết kế và phát triển sản phẩm; Thông tin và truyền thông; Tổ chức hội nghị, hội thảo khoa học; Tập huấn, đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ cho các tổ chức, cá nhân có nhu cầu; In ấn các tài liệu có liên quan.
d) Hợp tác với các tổ chức, cá nhân ở trong và ngoài nước để thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Viện.